SMTK Bethel Jakarta, diawali dengan Pendidikan Guru Agama Kristen/Protestan (PGAK/P) Bethel Jakarta yang didirikan oleh Lembaga Pendidikan Teologia Bethel Jakarta pada tahun 1970 dan berjalan sampai tahun 1990.

Berdasarkan kebijiakan pemerintah yang mengalihfungsikan SPG/SGO termasuk PGAK/P ke jenis sekolah lain, maka Gereja Bethel Indonesia membentuk Sekolah Menengah Teologi. Sesuai dengan surat Direktur Jenderal Bimas Kristen No.1/53/1332/1990 maka PGAK/P telah dialihfungsikan menjadi Sekolah Menengah Teologi Bethel (SMTB) Jakarta, dan dengan adanya peraturan Menteri Agama Republik Indonesia No.14 tahun 2005 mengenai Pedoman Penyelenggaraan Sekolah Menengah Teologi Kristen (SMTK) serta Ujian Negara, maka SMTB menjadi SMTK (Sekolah Menengah Teologi Kristen) Bethel Jakarta.
 
SMTK Bethel Jakarta berusaha memberikan pendidikan berkualitas yang mencakup 3 aspek yakni aspek Kognitif (pengetahuan), aspek afektif (pemahaman) dan aspek psikomotorik (keterampilan). Dengan program pendidikan yang terdiri dari pendidikan umum dan pendidikan teologi, SMTK Bethel Jakarta akan menghasilkan anak didik yang berpengetahuan luas, memiliki keterampilan, tanggung jawab, serta membimbing anak didik agar mampu melanjutkan pendidikan ke jenjang yang lebih tinggi.